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根据最新一期的《分子系统生物学》,加拿大研究人员开发了一项新技术,将脱氧核糖核酸条形码拼接成一个细胞,同时搜索数百万对蛋白质之间的相互作用。
近年来,DNA条形码技术使科学家能够进行高度并行的实验(许多不同类型的细胞在同一试管中进行测试),而新一代DNA测序技术的发展进一步提高了条形码计数和读取结果的效率。
然而,可以在同一试管中进行的测试数量受到编码细胞类型数量的限制。一直以来,DNA条形码都是一维的,也就是说,一个条形码只能检测一次。允许条形码在细胞内融合在一起意味着科学家现在可以突破这一障碍。新技术可以显著增加在单个试管中进行的实验数量,并且在相同的成本条件下可以将效率提高10倍。
在广泛使用的酵母双杂交(Y2H)方法中,携带“诱饵”蛋白的酵母细胞与携带“猎物”蛋白的酵母细胞配对。在Y2H系统被操纵后,只有“诱饵”和“猎物”蛋白质粘在一起的细胞才能存活,从而使科学家能够观察哪些蛋白质相互关联。在名为“条形码融合遗传学-酵母双杂交(BFG-Y2H)”的新技术中,携带数千个“诱饵”和“猎物”蛋白质的细胞在同一个培养皿中配对。
BFG-Y2H方法的新颖之处在于,来自“诱饵”和“猎物”细胞的DNA条形码通过编程细胞连接在一起形成“融合条形码”,然后通过使用新一代的DNA测序方法检测融合条形码。
研究人员表示,这项研究的最终目标是建立蛋白质相互作用网络的三维视图,而不是静态视图。BFG-Y2H方法通过有效地建立包含更丰富信息的蛋白质相互作用图,可以拓展研究者对细胞工作机制的理解,展示只能在特定环境条件下发生的蛋白质相互作用,从而加速对基因功能和人类疾病的理解。