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SCI医学论文参考文献具有提示研究起点、知识承续、鸣谢归誉、学术评价、预测分析、文献检索、学术论证、著作权保护、学术规范、节约篇幅版面等十项功能，其内容的不合理使用是造成高文字复制比的主要原因之一，科学引用因而成为文献参考的关键。
首先，选择合适的参考文献类型。学术不端文献检测是将被检测文献与检测系统收录文献进行比对，找出文字重复部分，再作抄袭等鉴定。中国知网等学术不端文献检测系统的比对文献源涵盖了学术期刊、优秀硕博士论文等多种类型的文献。检测显示，引文出自公开出版物且在文中明确标识、文后正确著录的，被检测出的重复文字判为抄袭的相对较少，而引文来自非正式出版物、网上文献、转引等，被检测出的文字复制比明显增高，且多判为“抄袭”。
因此，当选择参考文献内容时，最好遵循以下原则：
（1）应优先引用公开出版的、收录于检测系统比对源的文献。
（2）慎引图书和外文文献内容。因为检测比对源尚未收录书籍和多数外文文献，引用此类文献难以被检测出来而判为与其它相关引证文献文字重复，必要的引用应附上引文原件或复印件，以备核查。
（3）尽量不选择博客、电子公告等网络资源和转引文献。尽管学术不端系统开始注意收录网络文献，但多数博客、电子公告等网上文献不属于公开出版物，正确性和科学性难以保证，易于因乱引、谬引而产生文字重复。
第二，选择适量的参考文献。检测表明，引文越多，产生的文字复制比也越高，因此引文量必须控制。对此，学术期刊一般不作硬性规定，但多要求必须有一定的参考文献。根据已有研究成果及经验，一般的基础研究、理论研究论文引用的参考文献数量在10篇左右，综述性论文引用的文献数量可以多一些，技术性、实验性论文引用文献相对较少。参考文献的选择，应该根据文章的需要来确定，以数量最少、质量最优、作用最佳、成果最新为基本原则。杜绝友情互引、标榜式自引、应和刊物要求的强制性引用等非必要引用，充分保证引文质量与数量达到最优化状态，最大程度地降低因引文量失当而产生的文字复制比。
第三，突出引文的论证作用。参考文献的主要作用在于引证，即：使用其论题、观点、概念、理论、方法、结果、结论、事实、数据等为论文的创新性、科学性和应用价值提供必要的论证依据。单纯堆砌与拼接引用文字、过度引用、抄袭、无效引用、错误引用等非合理引证易于造成高文字复制比。为此，使用参考文献时，必须明确区分并妥善处理用于引证的和仅供参考的文献。
引证主要用于：作为选题背景，以确定本文的研究范围；作为本文的论题，对已有研究成果进行补充完善，以求深化与提高；作为反论题，指出其缺陷与错误，予以批驳和推翻，以便提出新的观点、理论和方法；作为论据，为自己的创新提供佐证。引证时，应视具体需要采用指示性引用、直接性引用、概括性引用。
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